1. 먼저 단백질이 담긴 용액을 기구에 떨어뜨려 서로다른 단백질 charge를 이용하여 분리를 한다. 이 과정을 IEF라 부른다.2. charge로 분리한 이 단백질을 다시 질량으로 분리를 한다. 이과정을 SDS -PAGE라 부른다.
