Weight Matrix
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Weight Matrix
# Protein Weight Matrix
Protein Weight Matrix는 각 아미노산 잔기들이 이웃하는 아미노산에 대한 유사성을 나타내는 scoring table이다. 이 matrix는 sequece-weight profile score들을 계산하는데 사용한다. 서열들이 밀접하게 관련되었을 때는 동일한 것들과 가장 선호되는 보존적인 치환들에 가장 높은 점수를 부여하는 더 엄격한 matrix가 더 적당하다. 분기된 서열들에 대하여 많은 다른 빈번히 발생하는 치환들에 대하여 높은 점수를 부여하는 softer matrix들이 적당하다.
# DNA Weight Matrix
DNA weight matrix는 두개의 hard-coded matrix들을 이용해서 matrix를 작성한다.
1. IUB : 핵산서열들을 비교하기 위해 BESTFIT를 이용해 작성하는 default scoring matrix이다. X들과 N들은 IUB ambiguity symbol의 어느것에 대하여도 match들로 취급된다.
2. CLUSTALW를 이용해서 matches scoring matrix를 작성한다.
