3D protein visualization

3차원 단백질 시각화 (3D protein visualization)  

3차원 단백질 시각화  도구들(3D protein visualization tools)

Rasmol: 가장 오래동안 가장 널리 쓰인 3차원 시각화 프로그램. 영국의 Roger Sayle 이 만들었다. http://www.umass.edu/microbio/rasmol/

Chime: 웹브라우져의 플러인으로 사용되는 시각화도구. MDL 정보시스템이라는 회사가 판매한다. http://www.mdli.com/chemscape/chime/

DisMol applet: 피터 맥클러스키가 만든 시각화 도구. http://www.rahul.net/pcm/dismol/DisMol.html

FPV: Fast Protein Visualization Using Java 3D (http://user.ceng.metu.edu.tr/~tcan/fpv/)

자바 3D 라이브러리 기반 단백질 구조 시각화 툴. Java 3D scene graph 기술을 잘 구성하여 속도를 기존 툴 보다 속도를 향상시켰다. (2003년)   * JMol: 자바기반의 공짜 프로그램. 자바 애플릿이나 단독 프로그램으로 되어있다. http://jmol.sourceforge.net/ 

Protein Explorer (http://www.umass.edu/microbio/rasmol/index.html) 분자구조 및 기능과의 관계를 보여주는 툴. 무료 프로그램이며, 윈도우 및 매킨토시, 리눅스에서 구동 가능하다. 구동 속도가 빠르고, 단백질 또는 DNA 분자구조를 3차원 구조로 회전하며 보여준다.     

POLYVIEW (http://polyview.cchmc.org/cgi-bin/pr_picture_3d.cgi) POLYVIEW는 2차 구조, relative solvent accessibility, physical-chemical property profiles 과 같은 서열 주석 정보를 생성할 수 있는 단백질 구조 시각화 서버이다. 이 도구는 PPI에 포함된 residues를 알아내는데 사용할 수 있고, 중요한 sites와 motifs 정보도 함께 표시해 준다. 스크립트를 사용해서 주석정보를 자동으로 생성할 수도 있다. 단백질 구조가 PDB 형식으로 입력되면, 3차원 애니메이션 영상을 생성한다.     

WebLab(TM) Viewer: 공짜. MSI 회사에서 제공하였는데, Accelrys라는 회사에 병합되었다.

WebMol (http://www.cmpharm.ucsf.edu/cgi-bin/webmol.pl) WebMol은 PDB에 저장된 구조정보를 분석하고 디스플레이 하기 위해 설계된 툴이다. 자바 애플릿 또는 독립 프로그램으로도 구동 가능하다. API를 다운받아 프로그램을 제작하는 사용자들이 자신의 프로그램 코딩에 사용할 수 있다. PDB 형식으로 데이터를 입력하고 구동하면, Postscript 형태의 출력물을 얻어낼 수 있다.      

 

Cn3D (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/CN3D/cn3d.shtml)

Cn3D는 웹 브라우저 상에서 NCBI Entrez 검색 서비스로부터 3차원 구조 정보를 디스플레이 하기 위한 도구이다. Cn3D는 윈도우, 매킨토시, 유닉스에서 모두 구동 가능하다. Cn3D는 구조, 서열 및 정렬 정보를 동시에 디스플레이 해주고, 강력한 주석기능을 가지고 있다. 

TOPO2: 막단백질 시각화 도구 : http://www.cgl.ucsf.edu/Outreach/Dissemination/topo2-5-7-05.pdf

참고자료
http://www.umass.edu/microbio/chime/: MolviZ.org (분자 시각화 자원)

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