Pairwise Alignment

Pairwise Alignment

Pairwise Alignment는 정렬대상이 2개의 Amino acid - Amino acid 이거나 Protein - Protein 일때 주로 homology(상동성)을 나타내기 
위해 사용되는 방법이다. 상동성 검색을 위하여 가장 기초적인 방법이기도 하며, 보다 복잡한 문제 해결을 위한 algorithm들은 대부분 
Pairwise Alignment algorithm과 연관되는 것들이다.

Pairwise Alignment (FASTA format)

>seq1
MAVDPPKADPKGSSGGFHRKSADDPKNGGPALGSREDQSAKAGCCDPPKADPKGGSRDRVRRCIRANLLVASLLTV
>seq2
DPPKADPKGGGFHRNARKKDNGGPALGSREDQSAKAGGCCQWERTASGSRDRVRRCIRANLLVLLTVAAVV

(b) 정렬된 2개의 단백질서열

seq1   MAVDPPKADPKGSSGGFHRKSADDPKNGGPALGSREDQSAKAG-CCDPPK
          |||||||||  |||||.:     ||||||||||||||||| ||.  :
seq2   ---DPPKADPKG--GGFHRNARKK-DNGGPALGSREDQSAKAGGCCQWER

seq1   ADPKGGSRDRVRRCIRANLLVASLLTV----
       .    ||||||||||||||||  ||||    
seq2   TAS--GSRDRVRRCIRANLLV--LLTVAAVV