Difference between revisions of "UPGMA"
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| − | <p><font color="#800080" size="4"><strong>UPGMA(unweighted pair group method using arithmetic average)<br /></strong></font><br />짝짓기 클러스터링(UPGMA)은 계통수를 작성하는데 사용되는 [[클러스터링]] 방법이다.<br />각각의 [[서열]]은 자신의 클러스터에 할당되고 그 서열에 대한 트리의 가지는 높이가 0인 곳으로부터 시작된다. 그후 다음 거리 값을 <br />기준으로 가까운 위치에 있는 두 클러스터를 하나의 클러스터로 병합시키게 되고, 이 과정을 반복한후 마지막 두개의 클러스터만 <br />남게 될때까지 하게된다. 이 두개의 클러스터를 연결하면 트리의 뿌리가 만들어진다. 하나의 트리 가지 길이는 이 과정을 통해 <br />이론적 진화 시간을 고려하여 결정되게 된다.<br /><font color="#99cc00" size="3"><strong> <br /># UPGMA 방법에 의해 생길수 있는 오류의 제거<br /></strong></font>- UPGMA는 절대거리를 통해 가장 가까운 가지들이 이웃하는 트리를 만들게 된다.<br />- 이것은 트리의 토폴로지에 제한을 가하여 어떤 상황에서는 잘못된 트리를 만들수도 있다.<br /><br /><a href="http://bio.cc/Biopedia/Biowiki/images/f/f8/UPGMA.JPG">http://bio.cc/Biopedia/Biowiki/images/f/f8/UPGMA.JPG</a></p> | + | <p><font color="#800080" size="4"><strong>UPGMA(unweighted pair group method using arithmetic average)<br /> |
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| + | </strong></font>- UPGMA는 절대거리를 통해 가장 가까운 가지들이 이웃하는 트리를 만들게 된다.<br /> | ||
| + | - 이것은 트리의 토폴로지에 제한을 가하여 어떤 상황에서는 잘못된 트리를 만들수도 있다.<br /> | ||
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Revision as of 22:14, 4 August 2008
UPGMA(unweighted pair group method using arithmetic average)
짝짓기 클러스터링(UPGMA)은 계통수를 작성하는데 사용되는 클러스터링 방법이다.
각각의 서열은 자신의 클러스터에 할당되고 그 서열에 대한 트리의 가지는 높이가 0인 곳으로부터 시작된다. 그후 다음 거리 값을
기준으로 가까운 위치에 있는 두 클러스터를 하나의 클러스터로 병합시키게 되고, 이 과정을 반복한후 마지막 두개의 클러스터만
남게 될때까지 하게된다. 이 두개의 클러스터를 연결하면 트리의 뿌리가 만들어진다. 하나의 트리 가지 길이는 이 과정을 통해
이론적 진화 시간을 고려하여 결정되게 된다.
- UPGMA 방법에 의해 생길수 있는 오류의 제거
- UPGMA는 절대거리를 통해 가장 가까운 가지들이 이웃하는 트리를 만들게 된다.
- 이것은 트리의 토폴로지에 제한을 가하여 어떤 상황에서는 잘못된 트리를 만들수도 있다.
그림:UPGMA.jpg
http://bio.cc/Biopedia/Biowiki/images/f/f8/UPGMA.JPG
