Difference between revisions of "PSI-BLAST"
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| − | <p>PSI-BLAST는 [[NCBI]]에서 제공되는 웹툴로서 일반 [[BLAST]]의 기능에 [[motif]]나 profile의 비교기능을 추가한 프로그램이다. PSI-BLAST는 기본적인 <br />BLAST검색을 수행한후 그 결과를 이용해 다시 [[multiple alignment]]를 수행하는 것이다. multiple alignment를 통해 position-specific score matrix를 만들고 <br />이 matrix를 이용해 다시 BLAST검색을 수행하게 된다. PSI-BLAST는 진화적으로 멀리 떨어져 있는 [[homolog]] 서열을 찾는데 유리하게 사용되고 있다.</p> | + | <p>PSI-BLAST는 [[NCBI]]에서 제공되는 웹툴로서 일반 [[BLAST]]의 기능에 [[motif]]나 profile의 비교기능을 추가한 프로그램이다. PSI-BLAST는 기본적인 <br />BLAST검색을 수행한후 그 결과를 이용해 다시 [[multiple alignment]]를 수행하는 것이다. multiple alignment를 통해 position-specific score matrix를 만들고 <br />이 matrix를 이용해 다시 BLAST검색을 수행하게 된다. PSI-BLAST는 진화적으로 멀리 떨어져 있는 [[homolog]] 서열을 찾는데 유리하게 사용되고 있다.<br /><br /># site : <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/Blast.cgi?CMD=Web&LAYOUT=TwoWindows&AUTO_FORMAT=Semiauto&ALIGNMENTS=250&ALIGNMENT_VIEW=Pairwise&CLIENT=web&COMPOSITION_BASED_STATISTICS=on&DATABASE=nr&CDD_SEARCH=on&DESCRIPTIONS=500&ENTREZ_QUERY=%28none%29&EXPECT=10&FORMAT_OBJECT=Alignment&FORMAT_TYPE=HTML&I_THRESH=0.005&MATRIX_NAME=BLOSUM62&NCBI_GI=on&PAGE=Proteins&PROGRAM=blastp&RUN_PSIBLAST=on&SERVICE=plain&SET_DEFAULTS.x=36&SET_DEFAULTS.y=5&SHOW_OVERVIEW=on&END_OF_HTTPGET=Yes&SHOW_LINKOUT=yes&GET_SEQUENCE=yes">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/Blast.cgi?CMD=Web&LAYOUT=TwoWindows&AUTO_FORMAT=Semiauto&ALIGNMENTS=250&ALIGNMENT_VIEW=Pairwise&CLIENT=web&COMPOSITION_BASED_STATISTICS=on&DATABASE=nr&CDD_SEARCH=on&DESCRIPTIONS=500&ENTREZ_QUERY=%28none%29&EXPECT=10&FORMAT_OBJECT=Alignment&FORMAT_TYPE=HTML&I_THRESH=0.005&MATRIX_NAME=BLOSUM62&NCBI_GI=on&PAGE=Proteins&PROGRAM=blastp&RUN_PSIBLAST=on&SERVICE=plain&SET_DEFAULTS.x=36&SET_DEFAULTS.y=5&SHOW_OVERVIEW=on&END_OF_HTTPGET=Yes&SHOW_LINKOUT=yes&GET_SEQUENCE=yes</a><br /><br /><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/html/head_protprot.gif">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/html/head_protprot.gif</a></p> |
Revision as of 12:32, 25 July 2006
PSI(Position-Specific Iterated) - BLAST
PSI-BLAST는 NCBI에서 제공되는 웹툴로서 일반 BLAST의 기능에 motif나 profile의 비교기능을 추가한 프로그램이다. PSI-BLAST는 기본적인
BLAST검색을 수행한후 그 결과를 이용해 다시 multiple alignment를 수행하는 것이다. multiple alignment를 통해 position-specific score matrix를 만들고
이 matrix를 이용해 다시 BLAST검색을 수행하게 된다. PSI-BLAST는 진화적으로 멀리 떨어져 있는 homolog 서열을 찾는데 유리하게 사용되고 있다.
# site : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/Blast.cgi?CMD=Web&LAYOUT=TwoWindows&AUTO_FORMAT=Semiauto&ALIGNMENTS=250&ALIGNMENT_VIEW=Pairwise&CLIENT=web&COMPOSITION_BASED_STATISTICS=on&DATABASE=nr&CDD_SEARCH=on&DESCRIPTIONS=500&ENTREZ_QUERY=%28none%29&EXPECT=10&FORMAT_OBJECT=Alignment&FORMAT_TYPE=HTML&I_THRESH=0.005&MATRIX_NAME=BLOSUM62&NCBI_GI=on&PAGE=Proteins&PROGRAM=blastp&RUN_PSIBLAST=on&SERVICE=plain&SET_DEFAULTS.x=36&SET_DEFAULTS.y=5&SHOW_OVERVIEW=on&END_OF_HTTPGET=Yes&SHOW_LINKOUT=yes&GET_SEQUENCE=yes
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/html/head_protprot.gif
