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<p><font color="#800080" size="3"><strong>TransFac</strong></font></p>
<p>TransFac은 biobase사의 유료 프로그램으로 유전자 발현 조절에 관여하는 전사인자의 데이터베이를 이용해 입력된 서열의 <br />transcription factor와 transcription factor binding site등의 정보를 제공한다. <br />TransFac database는 단순한 정보만 제공하는것이 아니라 Match와 Patch를 이용해 Transcription factor binding sites를 예측할수 있어서 <br />생물정보학 뿐만 아니라 생물학에서도 많이 이용되는 프로그램중의 하나이다.<br /><a href="http://biocc.ngic.re.kr/Biopedia/Biowiki/images/0/0d/Transfac.JPG">http://biocc.ngic.re.kr/Biopedia/Biowiki/images/0/0d/Transfac.JPG</a><br /></p>
<p><font color="#99cc00" size="2"><strong>#Database composition</strong></font><br /><strong>- Factor :</strong> Transcription factor의 발현 패턴과 관련된 정보와 기능적, 구조적, 물리화학적인 성질에 관한 정보를 제공하며 전사인자의 binding domain의 성질에 따른 정보도 제공한다.<br /><strong>- Site :</strong> Trnascription factor binding site와 관련된 정보를 제공하며 genomics sequence와 consensus binding sequence 정보를 제공한다.<br /><strong>- Matrix :</strong> Transcription factor binding site를 예측하기 위한 matrix를 제공하며 default로 저장되어있는것 뿐만 아니라 user define matrix도 만들수 있다. <br /><strong>- Gene :</strong> Transcription factor에 의해 조절되는 gene에 관한 정보를 제공한다.<br /><strong>- Class :</strong> Transcription factor를 DNA-domain에 따라서 분류한 것이다.<br /><strong>- Refrence :</strong> 관련 Refrence를 제공한다.</p>
<p><font color="#99cc00" size="2"><strong># Tools</strong></font><br /><strong>- Match :</strong> TrnasFac database를 이용하여 Position Specific Weight Matrix를 이용하여 Genomic sequecne의 Transcription Factor Binding Site를 예측할수 있다.<br /><a href="http://biocc.ngic.re.kr/Biopedia/Biowiki/images/e/ee/Match.JPG">http://biocc.ngic.re.kr/Biopedia/Biowiki/images/e/ee/Match.JPG</a><br /><br /><br /><strong>- Patch :</strong> TransFac database에서 만들어진 Transcription factor binding site의 pattern을 이용한 genomic sequence의 Transcription factor binding sites를 예측할수 있다.<br /><a href="http://biocc.ngic.re.kr/Biopedia/Biowiki/images/6/60/Patch.JPG">http://biocc.ngic.re.kr/Biopedia/Biowiki/images/6/60/Patch.JPG</a><br /><br /><br /></p>