Difference between revisions of "BLAST"
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| − | <font size="2">현재 [[생물정보학]]([[bioinformatics]]) 연구에서 가장 많이 사용되고 있는 <br />방법은 BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)이다. 잘 모르고 <br />있는 [[핵산]]([[DNA]] 또는 [[RNA]]) 서열이나 [[단백질]] 서열이 주어지면, 먼저 <br />분석하고자 하는 서열과 관계되는 서열들을 서열 [[데이터베이스]](sequence <br />[[database]])로부터 찾아낸다. 그 다음에 데이터베이스에서 찾아진 <br />서열들로부터 분석하고자 하는 서열의 성질들을 유추해낸다. 서열 <br />데이터베이스 검색에서 가장 대중적으로 사용되고 있는 방법이 BLAST 이다. <br />BLAST 를 사용하는 방법에는 두 가지가 있다. 첫 번째는 미국 <br />[[NCBI]] 사이트(</font><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/"><font size="2">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/</font></a><font size="2">)에서 웹을 통해서 BLAST <br />검색을 하는 것이다. 하지만 분석하고자 하는 서열들의 수가 아주 많을 때는 <br />BLAST 를 개인(또는 연구실) 컴퓨터에 설치하여 검색하는 것이 훨씬 <br />효율적이다. 가장 최근의 BLAST실행 파일들(executables)을 NCBI 사이트<br />(</font><a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/"><font size="2">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/</font></a><font size="2">)에서 쉽게 얻을 수 있다. <br />BLAST 를 개인(또는 연구실) 컴퓨터에서 사용하기 위해서는 서열 <br />데이터베이스들도 NCBI 에서(</font><a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/"><font size="2">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/</font></a><font size="2">) 얻어야 <br />된다. 단백질 서열을 다루는 경우에는 “nr.tar.gz”(nr 은 non-redundant 를<br />의미하며 이백 만개 이상의 단백질 서열을 포함하고 있다) 파일을 얻으면 <br />된다. 삼차원 구조가 이미 알려진(또는 특허와 관련된) 단백질 서열만을 <br />다루고 싶을 때는 “pdb.tar.gz” (“pataa.tar.gz”) 파일을 얻어야 한다.</font> <br /><br /><a | + | <font size="2">현재 [[생물정보학]]([[bioinformatics]]) 연구에서 가장 많이 사용되고 있는 <br />방법은 BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)이다. 잘 모르고 <br />있는 [[핵산]]([[DNA]] 또는 [[RNA]]) 서열이나 [[단백질]] 서열이 주어지면, 먼저 <br />분석하고자 하는 서열과 관계되는 서열들을 서열 [[데이터베이스]](sequence <br />[[database]])로부터 찾아낸다. 그 다음에 데이터베이스에서 찾아진 <br />서열들로부터 분석하고자 하는 서열의 성질들을 유추해낸다. 서열 <br />데이터베이스 검색에서 가장 대중적으로 사용되고 있는 방법이 BLAST 이다. <br />BLAST 를 사용하는 방법에는 두 가지가 있다. 첫 번째는 미국 <br />[[NCBI]] 사이트(</font><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/"><font size="2">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/</font></a><font size="2">)에서 웹을 통해서 BLAST <br />검색을 하는 것이다. 하지만 분석하고자 하는 서열들의 수가 아주 많을 때는 <br />BLAST 를 개인(또는 연구실) 컴퓨터에 설치하여 검색하는 것이 훨씬 <br />효율적이다. 가장 최근의 BLAST실행 파일들(executables)을 NCBI 사이트<br />(</font><a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/"><font size="2">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/</font></a><font size="2">)에서 쉽게 얻을 수 있다. <br />BLAST 를 개인(또는 연구실) 컴퓨터에서 사용하기 위해서는 서열 <br />데이터베이스들도 NCBI 에서(</font><a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/"><font size="2">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/</font></a><font size="2">) 얻어야 <br />된다. 단백질 서열을 다루는 경우에는 “nr.tar.gz”(nr 은 non-redundant 를<br />의미하며 이백 만개 이상의 단백질 서열을 포함하고 있다) 파일을 얻으면 <br />된다. 삼차원 구조가 이미 알려진(또는 특허와 관련된) 단백질 서열만을 <br />다루고 싶을 때는 “pdb.tar.gz” (“pataa.tar.gz”) 파일을 얻어야 한다.</font> <br /><br /><a href="javascript:void(window.open('http://bric.postech.ac.kr/info/review/12.html','','resizable=no,location=no,menubar=no,scrollbars=no,status=no,toolbar=no,fullscreen=yes,dependent=no'))"><font size="4"><strong>BLAST정의 (By. Bric)</strong></font></a> |
Revision as of 17:00, 18 May 2006
현재 생물정보학(bioinformatics) 연구에서 가장 많이 사용되고 있는
방법은 BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)이다. 잘 모르고
있는 핵산(DNA 또는 RNA) 서열이나 단백질 서열이 주어지면, 먼저
분석하고자 하는 서열과 관계되는 서열들을 서열 데이터베이스(sequence
database)로부터 찾아낸다. 그 다음에 데이터베이스에서 찾아진
서열들로부터 분석하고자 하는 서열의 성질들을 유추해낸다. 서열
데이터베이스 검색에서 가장 대중적으로 사용되고 있는 방법이 BLAST 이다.
BLAST 를 사용하는 방법에는 두 가지가 있다. 첫 번째는 미국
NCBI 사이트(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/)에서 웹을 통해서 BLAST
검색을 하는 것이다. 하지만 분석하고자 하는 서열들의 수가 아주 많을 때는
BLAST 를 개인(또는 연구실) 컴퓨터에 설치하여 검색하는 것이 훨씬
효율적이다. 가장 최근의 BLAST실행 파일들(executables)을 NCBI 사이트
(ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/)에서 쉽게 얻을 수 있다.
BLAST 를 개인(또는 연구실) 컴퓨터에서 사용하기 위해서는 서열
데이터베이스들도 NCBI 에서(ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/) 얻어야
된다. 단백질 서열을 다루는 경우에는 “nr.tar.gz”(nr 은 non-redundant 를
의미하며 이백 만개 이상의 단백질 서열을 포함하고 있다) 파일을 얻으면
된다. 삼차원 구조가 이미 알려진(또는 특허와 관련된) 단백질 서열만을
다루고 싶을 때는 “pdb.tar.gz” (“pataa.tar.gz”) 파일을 얻어야 한다.
BLAST정의 (By. Bric)
