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| − | <p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><strong style="mso-bidi-font-weight: normal"><span lang="EN-US" style="FONT-SIZE: 14pt"><font face="바탕">Serial Analysis of Gene Expression (SAGE)<br /><br /></font></span></strong></p> | + | <p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><strong style="mso-bidi-font-weight: normal"><span lang="EN-US" style="FONT-SIZE: 14pt"><font face="바탕">Serial Analysis of Gene Expression (SAGE)<br /></font></span></strong></p> |
| − | <p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font size="2"><font face="바탕"><span lang="EN-US"><span style="mso-tab-count: 1"> </span></span>유전자 발현의 순차적 분석은 흥미로운 조직의 수많은 전사인자의 측정에 의한 유전자 발현의 양적인 측정법에 따른다<span lang="EN-US">. DNA</span>의<span lang="EN-US"> 9-11bp </span>짧은<span lang="EN-US"> tag</span>는 전사인자<span lang="EN-US">, </span>서열<span lang="EN-US">, </span>그리고 지정된 유전자의<span lang="EN-US"> 3</span></font><span lang="EN-US" style="FONT-FAMILY: "Times New Roman"; mso-ascii-font-family: 바탕">’</span><font face="바탕">말단이 분리 되어진다<span lang="EN-US">. </span></font></font></p> | + | <p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font size="2"><font face="바탕"><span lang="EN-US"><br />'유전자 발현 직렬분석(Serial Analysis of Gene Expression)'은 정량적이고도 고속처리가 가능한<br />유전자 발현 분석 실험방법이다(Velculescu, 1995). SAGE는 각 전사체 내 특정 위치로부터 고유한<br />단편 [[서열표지]]([[Sequence tag]])를 분리한다. 이 서열 표지들을 서로 잇고 [[클로닝]]한 후 [[염기 서열]]을 <br />결정한다. 초기 세포군 내 특정 전사체의 빈도는 서열군 내에서 발견되는 해당 서열 표지의 빈도로서<br />나타난다. SAGEmap 데이터베이스는 SAGE 데이터 중 일부를 축적해 놓은 것이며 유전자 발현 분석을<br />위한 도구들 또한 SAGEmap 웹사이트에서 이용 가능하다. 가상 노던(virtual northern)은 이용자가<br />제공하는 mRNA 서열내의 SAGE 표지를 예측해내고 SAGE 라이브러리 내에서 그 표지의 분포를 <br />계산 함으로써 그 mRNA의 발현 양상에 대한 가상적 도표를 그려낸다. SAGE xProfiler에서는<br />'대장암 대 정상대장'과 같은 두 개의 라이브러리군을 선택해야 한다. 이 도구는 어는 SAGE 표지가<br />어느 라이브러리군에 더 많이 존재하는지를 계산한다. 결과에 대한 생물학적 정보를 제공하기 위하여<br />SAGE 표지의 지도 위치가 [[유니진]] [[클러스터]]에 작성되어 있다.</span></font></font></p> |
| − | <p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font size="2"><font face="바탕"><span lang="EN-US"><span style="mso-tab-count: 1"> </span>SAGE tag </span>생산의 진행은<span lang="EN-US"> Figure 6.9</span>에 개요가 있다<span lang="EN-US">(Velculescu et.al., 1995). RNA</span>는 삽입된것과 전환된<span lang="EN-US"> cDNA</span>와 바이오틴이 연결된 올리고<span lang="EN-US">(dT) </span>프라이머로부터 분리되어진다<span lang="EN-US">. </span>제한 효소<span lang="EN-US">(</span></font><span lang="EN-US" style="FONT-FAMILY: "Times New Roman"; mso-ascii-font-family: 바탕">“</span><font face="바탕">주요지점 효소</font><span lang="EN-US" style="FONT-FAMILY: "Times New Roman"; mso-ascii-font-family: 바탕">”</span><font face="바탕"><span lang="EN-US">)</span>는 전사인자의 전체 개체를 제한하기 위해 사용되고 단지 짧은 단편이 분리되며<span lang="EN-US">, </span>바이오틴과 아비딘에 의해서 각 전사의 한계인 스트렙타비딘 알갱이의 </font><span lang="EN-US"><font face="바탕">3</font></span><span lang="EN-US" style="FONT-FAMILY: "Times New Roman"; mso-ascii-font-family: 바탕">’</span><font face="바탕">말단 부분 통합이다<span lang="EN-US">. </span>연결된 두 개체는 더해지고<span lang="EN-US">, </span>서열화된다<span lang="EN-US">. </span>이 진행의 결과 생물학적 소스의 수천개의<span lang="EN-US"> tag</span>가 묘사되어진다<span lang="EN-US">. </span></font></font></p>
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| − | <p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font size="2"><font face="바탕"><span lang="EN-US"><span style="mso-tab-count: 1"> </span>SAGE </span>라이브러리의 다양성은 구조를 가진다<span lang="EN-US">. </span>라이브러리의 각<span lang="EN-US"> tag</span>는 단일 유전자와 일치한다<span lang="EN-US">. 9bp tag</span>는<span lang="EN-US"> 4</span><sup><span lang="EN-US" style="mso-bidi-font-size: 10.0pt">9</span></sup><span lang="EN-US"> </span>또는<span lang="EN-US"> 262,144 </span>전사인자들이 구별되어지고<span lang="EN-US">, tag site</span>에서 랜덤 뉴클레오티드 분포를 가정한다<span lang="EN-US">. </span>실 예로<span lang="EN-US">, tag</span>는<span lang="EN-US"> UniGene</span>을 사용하여 맵핑되어진 유전자이다<span lang="EN-US">. </span>몇몇 경우<span lang="EN-US">, tag</span>는 하나의 유전자 이상으로 주어질것이다<span lang="EN-US">. </span>다른 경우<span lang="EN-US">, </span>유전자는 하나의<span lang="EN-US"> tag</span>보다 더욱 많은 것을 가질 것이다<span lang="EN-US">. SAGE</span>의 한가지 가설은 생물학적 샘플에서 수많은<span lang="EN-US"> mRNA </span>분자에 직접 비례하는 수많은<span lang="EN-US"> tag</span>를<span lang="EN-US"> SAGE </span>라이브러리에서 찾는 것이다<span lang="EN-US">. </span></font></font></p>
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| − | <p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font size="2"><font face="바탕"><span lang="EN-US"><span style="mso-tab-count: 1"> </span>SAGE</span>는 효모 전사체가 소유하는 것을 묘사하는데 사용되어졌다<span lang="EN-US">(Velculescu et al., 1997). 4665 </span>유전자의 발현은 특징되어졌고<span lang="EN-US">, </span>중요한 기능은 특징화 되지 못했다<span lang="EN-US">. </span>일관된<span lang="EN-US"> UniGene </span>묶음의 분석<span lang="EN-US">(Table 6.1), </span>그 데이터는 많은 전사인자가 단지 연관되어 발현되어지는 것을 보여준다<span lang="EN-US">. Zhang et al.(1997) </span>보통과 종양인 위장내 조직의 유전자 발현 윤곽에<span lang="EN-US"> SAGE</span>를 사용했다<span lang="EN-US">. </span>그들은<span lang="EN-US"> 14,000 ~ 20,000 </span>사이의 각 세포 타입에서 발현된 것과<span lang="EN-US">, </span>세포당<span lang="EN-US"> 5300 </span>복제 세포들에서 발현된 레벨의 범위에서 수많은 명료한 전사인자를 추측했다<span lang="EN-US">. </span>풍부한 각 유전자는 전체<span lang="EN-US"> tag </span>획득물에 의한 전사인자가 많이 관찰되어진<span lang="EN-US"> tag</span>를 나누어 진 것에 의해 설립 되어졌다<span lang="EN-US">. </span></font></font></p>
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| − | <p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font size="2"><font face="바탕"><span lang="EN-US"><span style="mso-tab-count: 1"> </span>SAGE </span>라이브러리는<span lang="EN-US"> NCBI </span>웹사이트에서 전기적인 질문을 할 수 있고<span lang="EN-US">, SAGE </span>라이브러리는 발생 되어진 어떤 조직에서 유전자 발현의 비교에 따른다<span lang="EN-US">(Lash et al., 2000; Lal et al., 1999). </span>웹사이트는 맵핑된 유전자<span lang="EN-US"> tag</span>의 <span lang="EN-US">SAGE </span>라이브러리와 주석 데이터<span lang="EN-US"> tag </span>데이터를 포함한다<span lang="EN-US">(Fig. 6.10). SAGE </span>라이브러리는 방법이 유사한 디지털 특이형태 디스플레이를 사용한다<span lang="EN-US">(Fig 6.11). </span>유전자는 허파에 들어있는 계면활성제와 허파에 있고 뇌에는 없는 수백의<span lang="EN-US"> tag</span>들과<span lang="EN-US"> Pronapsim A </span>와<span lang="EN-US"> secretoglobin</span>의<span lang="EN-US"> tag </span>특이적으로 주어지는 것과 일치한다<span lang="EN-US">(Fig 6.12). </span>여러 종류의 뇌<span lang="EN-US">-</span>풍부하게 하는 전사인자들은 또한 동일시되어진다<span lang="EN-US">(Fig 6.12). </span>계면활성제의 예에서 부분적<span lang="EN-US"> tag(TGCCAGGTCT) </span>의 맵핑은 표면 유전자<span lang="EN-US">(UniGene HS.177852)</span>는 명백하게 나타내고<span lang="EN-US">, 50tag</span>에 일치하는 계면활성제는 허파 라이브러리에 선택적으로 동일시 되는 것을 보여준다<span lang="EN-US">(Fig 6.13).</span></font></font></p>
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| − | <p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font size="2"><span lang="EN-US"><span style="mso-tab-count: 1"><font face="바탕"> </font></span></span><span lang="EN-US" style="FONT-FAMILY: "Times New Roman"; mso-ascii-font-family: 바탕">“</span><font face="바탕">서열을 만회하다</font><span lang="EN-US" style="FONT-FAMILY: "Times New Roman"; mso-ascii-font-family: 바탕">”</span><font face="바탕">옵션은 노던블롯 협정의 전기적인 버전을 이루고<span lang="EN-US">, </span>개인적인 유전자에서 발현되는 분포는 교차하는 다양한 조직들로 평가되어진다<span lang="EN-US">. </span>들어가는 접근 번호에 상응하는<span lang="EN-US"> RBP</span>의<span lang="EN-US"> DNA </span>서열과 상응하는<span lang="EN-US"> SAGE tag</span>는<span lang="EN-US"> (see allow 1)</span>에 보여진다<span lang="EN-US">. </span>링크를 누르면 이<span lang="EN-US"> tag</span>는 </font><span lang="EN-US" style="FONT-FAMILY: "Times New Roman"; mso-ascii-font-family: 바탕">“</span><font face="바탕"><span lang="EN-US">SAGE tag</span>에 의해 만회하는</font><span lang="EN-US" style="FONT-FAMILY: "Times New Roman"; mso-ascii-font-family: 바탕">”</span><font face="바탕">사이트를 보여준다<span lang="EN-US">. </span>라이브러리들의<span lang="EN-US"> tag</span>는 개인적으로 리스트를 가지고<span lang="EN-US">, </span>마찬가지로 빈번히 발생한다<span lang="EN-US">(Fig 6.15a). </span>여기<span lang="EN-US">, RBP4</span>는 평범한 간 라이브러리에서 대부분 풍부하게 발견된다<span lang="EN-US">. </span>이 페이지 에서는 또한 유전자가 포함하는 이<span lang="EN-US"> tag(Fig 6.15b)</span>의 요약을 제공한다<span lang="EN-US">. </span>이 예에서<span lang="EN-US">, tag </span>맵은<span lang="EN-US"> 4</span>개의 다른<span lang="EN-US"> UniGene </span>모음이고<span lang="EN-US">, </span>그러나 단지<span lang="EN-US"> RBP4 </span>모음은<span lang="EN-US"> NCBI </span>사용의 표준과 같은 일치하는 유전의<span lang="EN-US"> DNA</span>데이터와 같이 </font><span lang="EN-US" style="FONT-FAMILY: "Times New Roman"; mso-ascii-font-family: 바탕">“</span><font face="바탕">믿을 수 있는</font><span lang="EN-US" style="FONT-FAMILY: "Times New Roman"; mso-ascii-font-family: 바탕">”</span><font face="바탕"><span lang="EN-US"> </span>결정 되어진 리스트이다<span lang="EN-US">. </span></font></font></p>
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| − | <p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><font size="2"><font face="바탕"><span lang="EN-US"><span style="mso-tab-count: 1"> </span></span>이 경우 다른 웹<span lang="EN-US">-</span>기반의 자원은<span lang="EN-US"> SAGE </span>라이브러리의 전기적인 비교에 따라서 되고<span lang="EN-US">, USAGE</span>와<span lang="EN-US"> Human Transcriptome Map</span>과 같아진다<span lang="EN-US">(Caron et al., 2001).</span></font></font></p>
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