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PFAM
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<font face="바탕" size="2">Pfam은 영국 케임브리지<p>The <strong>Pfam</strong> database contains information about protein domains and families. Pfam-A is the manually curated portion of the database that contains over 9, MRC 센터에서 박사과정을 하던 에릭 존해머가 개발을 하기 시작한 [[ProDom]]에서 진화한 것이다000 entries. For each entry a protein sequence alignment and a hidden Markov model is stored. These hidden Markov models can be used to search sequence databases with the HMMer package written by Sean Eddy. Because the entries in Pfam-A do not cover all known proteins an automatically generated supplement is provided called Pfam-B. Pfam-B is derived from the PRODOM database.</p><p>The database <strong>iPfam</strong> builds on the domain description of Pfam. It investigates if different proteins described together in the protein structure database PDB are close enough to potentially interact. 에릭은 스웨덴 사람으로서 나중에 PFAM을</p><p> </p><h2><span class="mw-headline">See also</span></h2><ul> <li>TrEMBL Database performing an automated protein sequence annotation </li> <li>InterPro Integration of protein domain and protein family databases </li></ul><p> 리타드 더빈과 개발했다</p><h2><span class="mw-headline">References</span></h2><ul> <li><cite style="FONT-STYLE: normal">Finn RD, Mistry J, Schuster-Bockler B, Griffiths-Jones S, Hollich V, Lassmann T, Moxon S, Marshall M, Khanna A, Durbin R, Eddy SR, Sonnhammer EL, Bateman A (2006). 그때"Pfam: clans, 같은 MRCweb tools and services". <em>Nucleic Acids Res.</em> <strong>34</strong>: D247-D251. PMID 16381856.</cite><span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004 amp;rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.genre=article&rft.atitle=Pfam%3A+clans%2C+web+tools+and+services&rft.jtitle=Nucleic+Acids+Res.&센터에서 1년 늦게 박사과정에 들어온 알렉스 베이트만이, MRC에서 포닥을 하던rft.date=2006 amp;Sean Eddy가 만든 HMMER를 써서 HMM등을rft.volume=34 amp;에릭과 만들었는데, 그것이 현재의 PFAM 이다rft.au=Finn+RD%2C+Mistry+J%2C+Schuster-Bockler+B%2C+Griffiths-Jones+S%2C+Hollich+V%2C+Lassmann+T%2C+Moxon+S%2C+Marshall+M%2C+Khanna+A%2C+Durbin+R%2C+Eddy+SR%2C+Sonnhammer+EL%2C+Bateman+A amp;개념적으로 [[PROSITE]] profile들과 연관된 [[HMM]]들의 집합이다rft.pages=D247-D251"> <br /span> </li></ul><ul> <li><cite style="FONT-STYLE: normal">Pfam 모델들은Finn RD, Marshall M, Bateman A (2005).  quot;유사 단백질의 multiple alignment로 부터iPfam: visualization of protein-protein interactions in PDB at domain and amino acid resolutions quot;추출된 HMM profile이다.<br em>Bioinformatics</em> <strong>21</strong>: 410-412. PMID 15353450.</cite>쑌 에디의 HMMER package로 만들어 지며,<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.genre=article&rft.atitle=iPfam%3A+visualization+of+protein-protein+interactions+in+PDB+at+domain+and+amino+acid+resolutions&rft.jtitle=Bioinformatics&rft.date=2005&rft.volume=21 amp;HMM의 hmmpfam 명령을 통해,rft.au=Finn+RD%2C+Marshall+M%2C+Bateman+A amp;단백질 서열에서rft.pages=410-412"> Pfam profile의 존재유무를 검사할 수 있다.<br /span> </li><br /ul><ul> <li><cite style="FONT-STYLE: normal">Pfam은 두가지 형태의 profile file을 제공하는데Bateman A, Pfam_ls는 완전한 도메인의 구조를 찾을 때 쓰이며Coin L, Pfam_fs는 부분적인 Durbin R, Finn RD, Hollich V, Griffiths-Jones S, Khanna A, Marshall M, Moxon S, Sonnhammer EL, Studholme DJ, Yeats C, Eddy SR (불완전한2004) 도메인 조각을 찾을 때 쓰인다. "The Pfam protein families database". <em>Nucleic Acids Res.<br /em> <strong>32(Database issue)<br /strong>현재의 버전은 Pfam20으로 8296개의 모델들을 포함하고 있다: D138-D141. PMID 14681378.<br /cite><br />PROSITE와는 대조적으로 span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.genre=article&rft.atitle=The+Pfam entry들은 semi+protein+families+database&rft.jtitle=Nucleic+Acids+Res.&rft.date=2004&rft.volume=32%28Database+issue%29&rft.au=Bateman+A%2C+Coin+L%2C+Durbin+R%2C+Finn+RD%2C+Hollich+V%2C+Griffiths-automatic하게 생성되어 비교적 쉽게 update 된다Jones+S%2C+Khanna+A%2C+Marshall+M%2C+Moxon+S%2C+Sonnhammer+EL%2C+Studholme+DJ%2C+Yeats+C%2C+Eddy+SR&rft.pages=D138-D141"> </span> </li><br /ul><p>Pfam의 초기버젼에서는 비교적 낮은 정밀도를 보여주었지만, 밝혀진 서열의 종류가 늘어남에 따라 정확도가 높아지고 있다.<br /p><h2><br span class="mw-headline">External links</span>풍부한 정보를 제공하는 PfamA는 약 74%의 sequence coverage를 나타내며<br /h2><ul> <li>완전히 자동적으로 생성되는 PfamB는 11%의 sequence coverage를 갖는다.Pfam - Protein family database at Sanger Institute UK <br /li> <li>PfmaB로부터는 정보를 얻기가 힘들기는 하지만, 새로운 서열이 추가되면 PfamA로 전환될 것들이다.Pfam - Protein family database at Janelia Farm Research Campus USA <br /li> <li>Pfam - Protein family database at Center for Genomics and Bioinformatics Sweden <br /li> <li>따라서 궁극적으로 85%이상의 단백질에 iPfam - Interactions of Pfam domain을 부여할 수 있다.domains in PDB <br /li><br /ul><div class="boilerplate metadata" id="stub">http:</div><p><br clear="all" /www.sanger.ac.uk/Software/Pfam></ p></font>