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Revision as of 08:38, 27 February 2007
3D protein visualization
* FPV: Fast Protein Visualization Using Java 3D (http://user.ceng.metu.edu.tr/~tcan/fpv/)
자바 3D 라이브러리 기반 단백질 구조 시각화 툴. Java 3D scene graph 기술을 잘 구성하여 속도를 기존 툴 보다 속도를 향상시켰다. (2003년)
* Protein Explorer (http://www.umass.edu/microbio/rasmol/index.html)
분자구조 및 기능과의 관계를 보여주는 툴. 무료 프로그램이며, 윈도우 및 매킨토시, 리눅스에서 구동 가능하다. 구동 속도가 빠르고, 단백질 또는 DNA 분자구조를 3차원 구조로 회전하며 보여준다.
* POLYVIEW (http://polyview.cchmc.org/cgi-bin/pr_picture_3d.cgi)
POLYVIEW는 2차 구조, relative solvent accessibility, physical-chemical property profiles 과 같은 서열 주석 정보를 생성할 수 있는 단백질 구조 시각화 서버이다. 이 도구는 PPI에 포함된 residues를 알아내는데 사용할 수 있고, 중요한 sites와 motifs 정보도 함께 표시해 준다. 스크립트를 사용해서 주석정보를 자동으로 생성할 수도 있다. 단백질 구조가 PDB 형식으로 입력되면, 3차원 애니메이션 영상을 생성한다.
WebMol은 PDB에 저장된 구조정보를 분석하고 디스플레이 하기 위해 설계된 툴이다. 자바 애플릿 또는 독립 프로그램으로도 구동 가능하다. API를 다운받아 프로그램을 제작하는 사용자들이 자신의 프로그램 코딩에 사용할 수 있다. PDB 형식으로 데이터를 입력하고 구동하면, Postscript 형태의 출력물을 얻어낼 수 있다.
Cn3D는 웹 브라우저 상에서 NCBI Entrez 검색 서비스로부터 3차원 구조 정보를 디스플레이 하기 위한 도구이다. Cn3D는 윈도우, 매킨토시, 유닉스에서 모두 구동 가능하다. Cn3D는 구조, 서열 및 정렬 정보를 동시에 디스플레이 해주고, 강력한 주석기능을 가지고 있다.
