Difference between revisions of "BLOSUM Matrix"

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<p><font size="2">시간적인 개념보다는 homology percentage에 의한 [[block]]을 찾은 것이다. 일반적으로 진화적으로 봤을 때 분지가 최근에 일어났다거나, 비교하려는 query sequences가 긴 경우에는 높은 [[BLOSUM]], 낮은 [[PAM]]을 사용하게 된다. 하지만 query sequences가 짧거나 진화적으로 분지된 시간이 먼 경우에는 높은 PAM, 낮은 BLOSUM을 적용해 사용한다.<br /></font><br />
+
 
<table cellspacing="0" align="center" bgcolor="#c2ceff" border="0">
 
    <tbody>
 
        <tr>
 
            <td width="118" bgcolor="#000000">
 
            <p align="center"><font color="#ffffff" size="2"><strong>BLOSUM 80</strong></font></p>
 
            </td>
 
            <td width="238" bgcolor="#000000">
 
            <p align="center"><font color="#ffffff" size="2"><strong>BLOSUM 62</strong></font></p>
 
            </td>
 
            <td width="97" bgcolor="#000000">
 
            <p align="center"><font color="#ffffff" size="2"><strong>BLOSUM 45</strong></font></p>
 
            </td>
 
        </tr>
 
        <tr>
 
            <td width="118" bgcolor="#000000">
 
            <p align="center"><font color="#ffffff" size="2"><strong>PAM1</strong></font></p>
 
            </td>
 
            <td width="238" bgcolor="#000000">
 
            <p align="center"><font color="#ffffff" size="2"><strong>PAM120</strong></font></p>
 
            </td>
 
            <td width="97" bgcolor="#000000">
 
            <p align="center"><font color="#ffffff" size="2"><strong>PAM250</strong></font></p>
 
            </td>
 
        </tr>
 
        <tr>
 
            <td width="118" bgcolor="#000000">
 
            <p align="center"><font color="#ffffff" size="2"><strong>Less divergent</strong></font></p>
 
            </td>
 
            <td width="238" bgcolor="#000000">
 
            <p align="center"><font color="#ffffff" size="2"><strong>&larr;―――――――――――――――――――――&rarr;</strong></font></p>
 
            </td>
 
            <td width="97" bgcolor="#000000">
 
            <p align="center"><font color="#ffffff" size="2"><strong>More divergent</strong></font></p>
 
            </td>
 
        </tr>
 
    </tbody>
 
</table>
 
<br /></p>
 

Latest revision as of 11:13, 26 May 2006