Difference between revisions of "BLOSUM Matrix"
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| − | <p><font size="2">시간적인 개념보다는 homology percentage에 의한 [[block]]을 찾은 것이다. 일반적으로 진화적으로 봤을 때 분지가 최근에 일어났다거나, 비교하려는 query sequences가 긴 경우에는 높은 [[BLOSUM]], 낮은 [[PAM]]을 사용하게 된다. 하지만 query sequences가 짧거나 진화적으로 분지된 시간이 먼 경우에는 높은 PAM, 낮은 BLOSUM을 적용해 사용한다.</font><br /></p> | + | <p><font size="2">시간적인 개념보다는 homology percentage에 의한 [[block]]을 찾은 것이다. 일반적으로 진화적으로 봤을 때 분지가 최근에 일어났다거나, 비교하려는 query sequences가 긴 경우에는 높은 [[BLOSUM]], 낮은 [[PAM]]을 사용하게 된다. 하지만 query sequences가 짧거나 진화적으로 분지된 시간이 먼 경우에는 높은 PAM, 낮은 BLOSUM을 적용해 사용한다.<br /></font><br /> |
| + | <table cellspacing="0" align="center" bgcolor="#c2ceff" border="0"> | ||
| + | <tbody> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td width="118" bgcolor="#000000"> | ||
| + | <p align="center"><font color="#ffffff" size="2"><strong>BLOSUM 80</strong></font></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td width="238" bgcolor="#000000"> | ||
| + | <p align="center"><font color="#ffffff" size="2"><strong>BLOSUM 62</strong></font></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td width="97" bgcolor="#000000"> | ||
| + | <p align="center"><font color="#ffffff" size="2"><strong>BLOSUM 45</strong></font></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td width="118" bgcolor="#000000"> | ||
| + | <p align="center"><font color="#ffffff" size="2"><strong>PAM1</strong></font></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td width="238" bgcolor="#000000"> | ||
| + | <p align="center"><font color="#ffffff" size="2"><strong>PAM120</strong></font></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td width="97" bgcolor="#000000"> | ||
| + | <p align="center"><font color="#ffffff" size="2"><strong>PAM250</strong></font></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td width="118" bgcolor="#000000"> | ||
| + | <p align="center"><font color="#ffffff" size="2"><strong>Less divergent</strong></font></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td width="238" bgcolor="#000000"> | ||
| + | <p align="center"><font color="#ffffff" size="2"><strong>←―――――――――――――――――――――→</strong></font></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | <td width="97" bgcolor="#000000"> | ||
| + | <p align="center"><font color="#ffffff" size="2"><strong>More divergent</strong></font></p> | ||
| + | </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </tbody> | ||
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Revision as of 11:10, 26 May 2006
시간적인 개념보다는 homology percentage에 의한 block을 찾은 것이다. 일반적으로 진화적으로 봤을 때 분지가 최근에 일어났다거나, 비교하려는 query sequences가 긴 경우에는 높은 BLOSUM, 낮은 PAM을 사용하게 된다. 하지만 query sequences가 짧거나 진화적으로 분지된 시간이 먼 경우에는 높은 PAM, 낮은 BLOSUM을 적용해 사용한다.
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BLOSUM 80 |
BLOSUM 62 |
BLOSUM 45 |
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PAM1 |
PAM120 |
PAM250 |
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Less divergent |
←―――――――――――――――――――――→ |
More divergent |
