PFAM - Revision history

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<font face="바탕" size="2">Pfam은 [[ProDom]]에서 진화한 것으로 개념적으로 [[PROSITE]] profile들과 연관된 [[HMM]]들의 집합이다. Pfam 모델들은 전형적으로 완전한 단백질 도메인들에 걸쳐 있으며 HMMER package나 Web-based server로 검색될 수 있다. 현재의 버전은 Pfam(2.1)로 527개의 모델들을 포함하고 있다; 곧 나올 다음 버전 (3.0)에서는 그 숫자가 806개로 증가할 것이다. PROSITE profile과 유사하게 Pfam 모델들은 분명한 [[homolog]]들로부터 출발하여 점차적으로 먼 집단들의 구성원들을 포함시키면서 반복적으로 정련된다.  r들의 information-rich descriptor들 때문에 두가지 집합들은 다른 방법으로는 드물게 발견되는 단백질 모티브의 매우 먼 예도 검출한다. PROSITE와는 대조적으로 Pfam entry들은 semi-automatic하게 생성되고, 이것은 비교적 낮은 정밀도를 보여주지만 개정과정은 보다 쉽다. Pfam documentation은 최소한이지만 자주 상응하는 PROSITE entry에 대한 연결이 포함되어 있다. Pfam 모델들과 PROSITE profile들은 상호전환이 이루어질 수 있고, 조합 검색이 가능하다. [[SMART]] 데이터베이스는 신호전달에 포함된 단백질 도메인들에 초점을 맞춘 181개의 HMM들의 독립적인 집합이다. </font>

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-<font face="바탕" size="2">Pfam은 영국 케임브리지, MRC 센터에서 박사과정을 하던 에릭 존해머가 개발을 하기 시작한 [[ProDom]]에서 진화한 것이다. 에릭은 스웨덴 사람으로서 나중에 PFAM을&nbsp;리타드 더빈과 개발했다. 그때, 같은 MRC&nbsp;센터에서 1년 늦게 박사과정에 들어온 알렉스 베이트만이, MRC에서 포닥을 하던&nbsp;Sean Eddy가 만든 HMMER를 써서 HMM등을&nbsp;에릭과 만들었는데, 그것이 현재의 PFAM 이다.&nbsp;개념적으로 [[PROSITE]] profile들과 연관된 [[HMM]]들의 집합이다.&nbsp;<br />
+<font face="바탕" size="2">
 <p>The <strong>Pfam</strong> database contains information about protein domains and families. Pfam-A is the manually curated portion of the database that contains over 9,000 entries. For each entry a protein sequence alignment and a hidden Markov model is stored. These hidden Markov models can be used to search sequence databases with the HMMer package written by Sean Eddy. Because the entries in Pfam-A do not cover all known proteins an automatically generated supplement is provided called Pfam-B. Pfam-B is derived from the PRODOM database.</p>
 <p>The database <strong>iPfam</strong> builds on the domain description of Pfam. It investigates if different proteins described together in the protein structure database PDB are close enough to potentially interact.</p>

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−	<font face="바탕" size="2">Pfam은 영국 케임브리지, MRC 센터에서 박사과정을 하던 에릭 존해머가 개발을 하기 시작한 [[ProDom]]에서 진화한 것이다. 에릭은 스웨덴 사람으로서 나중에 PFAM을 리타드 더빈과 개발했다. 그때, 같은 MRC 센터에서 1년 늦게 박사과정에 들어온 알렉스 베이트만이, MRC에서 포닥을 하던 Sean Eddy가 만든 HMMER를 써서 HMM등을 에릭과 만들었는데, 그것이 현재의 PFAM 이다. 개념적으로 [[PROSITE]] profile들과 연관된 [[HMM]]들의 집합이다. <br />Pfam 모델들은 유사 단백질의 multiple alignment로 부터 추출된 HMM profile이다.<br />쑌 에디의 HMMER package로 만들어 지며, HMM의 hmmpfam 명령을 통해, 단백질 서열에서 Pfam profile의 존재유무를 검사할 수 있다.<br /><br />Pfam은 두가지 형태의 profile file을 제공하는데, Pfam_ls는 완전한 도메인의 구조를 찾을 때 쓰이며, Pfam_fs는 부분적인 (불완전한) 도메인 조각을 찾을 때 쓰인다.<br /><br />현재의 버전은 Pfam20으로 8296개의 모델들을 포함하고 있다.<br /><br />PROSITE와는 대조적으로 Pfam entry들은 semi-automatic하게 생성되어 비교적 쉽게 update 된다.<br />Pfam의 초기버젼에서는 비교적 낮은 정밀도를 보여주었지만, 밝혀진 서열의 종류가 늘어남에 따라 정확도가 높아지고 있다.<br /><br />풍부한 정보를 제공하는 PfamA는 약 74%의 sequence coverage를 나타내며<br />완전히 자동적으로 생성되는 PfamB는 11%의 sequence coverage를 갖는다.<br />PfmaB로부터는 정보를 얻기가 힘들기는 하지만, 새로운 서열이 추가되면 PfamA로 전환될 것들이다.<br /><br />따라서 궁극적으로 85%이상의 단백질에 Pfam domain을 부여할 수 있다.<br /><br />http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/ </font>	+	<font face="바탕" size="2">Pfam은 영국 케임브리지, MRC 센터에서 박사과정을 하던 에릭 존해머가 개발을 하기 시작한 [[ProDom]]에서 진화한 것이다. 에릭은 스웨덴 사람으로서 나중에 PFAM을 리타드 더빈과 개발했다. 그때, 같은 MRC 센터에서 1년 늦게 박사과정에 들어온 알렉스 베이트만이, MRC에서 포닥을 하던 Sean Eddy가 만든 HMMER를 써서 HMM등을 에릭과 만들었는데, 그것이 현재의 PFAM 이다. 개념적으로 [[PROSITE]] profile들과 연관된 [[HMM]]들의 집합이다. <br />
		+	Pfam 모델들은 유사 단백질의 multiple alignment로 부터 추출된 HMM profile이다.<br />
		+	쑌 에디의 HMMER package로 만들어 지며, HMM의 hmmpfam 명령을 통해, 단백질 서열에서 Pfam profile의 존재유무를 검사할 수 있다.<br />
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		+	Pfam은 두가지 형태의 profile file을 제공하는데, Pfam_ls는 완전한 도메인의 구조를 찾을 때 쓰이며, Pfam_fs는 부분적인 (불완전한) 도메인 조각을 찾을 때 쓰인다.<br />
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		+	현재의 버전은 Pfam20으로 8296개의 모델들을 포함하고 있다.<br />
		+	<br />
		+	PROSITE와는 대조적으로 Pfam entry들은 semi-automatic하게 생성되어 비교적 쉽게 update 된다.<br />
		+	Pfam의 초기버젼에서는 비교적 낮은 정밀도를 보여주었지만, 밝혀진 서열의 종류가 늘어남에 따라 정확도가 높아지고 있다.<br />
		+	<br />
		+	풍부한 정보를 제공하는 PfamA는 약 74%의 sequence coverage를 나타내며<br />
		+	완전히 자동적으로 생성되는 PfamB는 11%의 sequence coverage를 갖는다.<br />
		+	PfmaB로부터는 정보를 얻기가 힘들기는 하지만, 새로운 서열이 추가되면 PfamA로 전환될 것들이다.<br />
		+	<br />
		+	따라서 궁극적으로 85%이상의 단백질에 Pfam domain을 부여할 수 있다.<br />
		+	<br />
		+	http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/ <br />
		+	<br />
		+	<br />
		+	<p>The <strong>Pfam</strong> database contains information about protein domains and families. Pfam-A is the manually curated portion of the database that contains over 9,000 entries. For each entry a protein sequence alignment and a hidden Markov model is stored. These hidden Markov models can be used to search sequence databases with the HMMer package written by Sean Eddy. Because the entries in Pfam-A do not cover all known proteins an automatically generated supplement is provided called Pfam-B. Pfam-B is derived from the PRODOM database.</p>
		+	<p>The database <strong>iPfam</strong> builds on the domain description of Pfam. It investigates if different proteins described together in the protein structure database PDB are close enough to potentially interact.</p>
		+	<p> </p>
		+	<h2><span class="mw-headline">See also</span></h2>
		+	<ul>
		+	<li>TrEMBL Database performing an automated protein sequence annotation </li>
		+	<li>InterPro Integration of protein domain and protein family databases </li>
		+	</ul>
		+	<p> </p>
		+	<h2><span class="mw-headline">References</span></h2>
		+	<ul>
		+	<li><cite style="FONT-STYLE: normal">Finn RD, Mistry J, Schuster-Bockler B, Griffiths-Jones S, Hollich V, Lassmann T, Moxon S, Marshall M, Khanna A, Durbin R, Eddy SR, Sonnhammer EL, Bateman A (2006). "Pfam: clans, web tools and services". <em>Nucleic Acids Res.</em> <strong>34</strong>: D247-D251. PMID 16381856.</cite><span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.genre=article&rft.atitle=Pfam%3A+clans%2C+web+tools+and+services&rft.jtitle=Nucleic+Acids+Res.&rft.date=2006&rft.volume=34&rft.au=Finn+RD%2C+Mistry+J%2C+Schuster-Bockler+B%2C+Griffiths-Jones+S%2C+Hollich+V%2C+Lassmann+T%2C+Moxon+S%2C+Marshall+M%2C+Khanna+A%2C+Durbin+R%2C+Eddy+SR%2C+Sonnhammer+EL%2C+Bateman+A&rft.pages=D247-D251"> </span> </li>
		+	</ul>
		+	<ul>
		+	<li><cite style="FONT-STYLE: normal">Finn RD, Marshall M, Bateman A (2005). "iPfam: visualization of protein-protein interactions in PDB at domain and amino acid resolutions". <em>Bioinformatics</em> <strong>21</strong>: 410-412. PMID 15353450.</cite><span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.genre=article&rft.atitle=iPfam%3A+visualization+of+protein-protein+interactions+in+PDB+at+domain+and+amino+acid+resolutions&rft.jtitle=Bioinformatics&rft.date=2005&rft.volume=21&rft.au=Finn+RD%2C+Marshall+M%2C+Bateman+A&rft.pages=410-412"> </span> </li>
		+	</ul>
		+	<ul>
		+	<li><cite style="FONT-STYLE: normal">Bateman A, Coin L, Durbin R, Finn RD, Hollich V, Griffiths-Jones S, Khanna A, Marshall M, Moxon S, Sonnhammer EL, Studholme DJ, Yeats C, Eddy SR (2004). "The Pfam protein families database". <em>Nucleic Acids Res.</em> <strong>32(Database issue)</strong>: D138-D141. PMID 14681378.</cite><span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.genre=article&rft.atitle=The+Pfam+protein+families+database&rft.jtitle=Nucleic+Acids+Res.&rft.date=2004&rft.volume=32%28Database+issue%29&rft.au=Bateman+A%2C+Coin+L%2C+Durbin+R%2C+Finn+RD%2C+Hollich+V%2C+Griffiths-Jones+S%2C+Khanna+A%2C+Marshall+M%2C+Moxon+S%2C+Sonnhammer+EL%2C+Studholme+DJ%2C+Yeats+C%2C+Eddy+SR&rft.pages=D138-D141"> </span> </li>
		+	</ul>
		+	<p> </p>
		+	<h2><span class="mw-headline">External links</span></h2>
		+	<ul>
		+	<li>Pfam - Protein family database at Sanger Institute UK </li>
		+	<li>Pfam - Protein family database at Janelia Farm Research Campus USA </li>
		+	<li>Pfam - Protein family database at Center for Genomics and Bioinformatics Sweden </li>
		+	<li>iPfam - Interactions of Pfam domains in PDB </li>
		+	</ul>
		+	<div class="boilerplate metadata" id="stub"></div>
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−	<font face="바탕" size="2">Pfam은 [[ProDom]]에서 진화한 ~~것으로~~ 개념적으로 [[PROSITE]] profile들과 연관된 [[HMM]]들의 집합이다. <br />Pfam 모델들은 유사 단백질의 multiple alignment로 부터 추출된 HMM profile이다.<br />HMMER package로 만들어 지며, HMM의 hmmpfam 명령을 통해, 단백질 서열에서 Pfam profile의 존재유무를 검사할 수 있다.<br /><br />Pfam은 두가지 형태의 profile file을 제공하는데, Pfam_ls는 완전한 도메인의 구조를 찾을 때 쓰이며, Pfam_fs는 부분적인 (불완전한) 도메인 조각을 찾을 때 쓰인다.<br /><br />현재의 버전은 Pfam20으로 8296개의 모델들을 포함하고 있다.<br /><br />PROSITE와는 대조적으로 Pfam entry들은 semi-automatic하게 생성되어 비교적 쉽게 update 된다.<br />Pfam의 초기버젼에서는 비교적 낮은 정밀도를 보여주었지만, 밝혀진 서열의 종류가 늘어남에 따라 정확도가 높아지고 있다.<br /><br />풍부한 정보를 제공하는 PfamA는 약 74%의 sequence coverage를 나타내며<br />완전히 자동적으로 생성되는 PfamB는 11%의 sequence coverage를 갖는다.<br />PfmaB로부터는 정보를 얻기가 힘들기는 하지만, 새로운 서열이 추가되면 PfamA로 전환될 것들이다.<br /><br />따라서 궁극적으로 85%이상의 단백질에 Pfam domain을 부여할 수 있다.<br /></font>	+	<font face="바탕" size="2">Pfam은 영국 케임브리지, MRC 센터에서 박사과정을 하던 에릭 존해머가 개발을 하기 시작한 [[ProDom]]에서 진화한 것이다. 에릭은 스웨덴 사람으로서 나중에 PFAM을 리타드 더빈과 개발했다. 그때, 같은 MRC 센터에서 1년 늦게 박사과정에 들어온 알렉스 베이트만이, MRC에서 포닥을 하던 Sean Eddy가 만든 HMMER를 써서 HMM등을 에릭과 만들었는데, 그것이 현재의 PFAM 이다. 개념적으로 [[PROSITE]] profile들과 연관된 [[HMM]]들의 집합이다. <br />Pfam 모델들은 유사 단백질의 multiple alignment로 부터 추출된 HMM profile이다.<br />쑌 에디의 HMMER package로 만들어 지며, HMM의 hmmpfam 명령을 통해, 단백질 서열에서 Pfam profile의 존재유무를 검사할 수 있다.<br /><br />Pfam은 두가지 형태의 profile file을 제공하는데, Pfam_ls는 완전한 도메인의 구조를 찾을 때 쓰이며, Pfam_fs는 부분적인 (불완전한) 도메인 조각을 찾을 때 쓰인다.<br /><br />현재의 버전은 Pfam20으로 8296개의 모델들을 포함하고 있다.<br /><br />PROSITE와는 대조적으로 Pfam entry들은 semi-automatic하게 생성되어 비교적 쉽게 update 된다.<br />Pfam의 초기버젼에서는 비교적 낮은 정밀도를 보여주었지만, 밝혀진 서열의 종류가 늘어남에 따라 정확도가 높아지고 있다.<br /><br />풍부한 정보를 제공하는 PfamA는 약 74%의 sequence coverage를 나타내며<br />완전히 자동적으로 생성되는 PfamB는 11%의 sequence coverage를 갖는다.<br />PfmaB로부터는 정보를 얻기가 힘들기는 하지만, 새로운 서열이 추가되면 PfamA로 전환될 것들이다.<br /><br />따라서 궁극적으로 85%이상의 단백질에 Pfam domain을 부여할 수 있다.<br /><br /><a href="http://pfam.org">http://pfam.org</a></font>

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−	<font face="바탕" size="2">Pfam은 [[ProDom]]에서 진화한 것으로 개념적으로 [[PROSITE]] profile들과 연관된 [[HMM]]들의 집합이다. <br />Pfam 모델들은 ~~전형적으로 완전한 단백질 도메인들에 걸쳐 있으며 HMMER package나 Web-based server로 검색될 수 있다.~~ <br />~~현재의 버전은 Pfam20으로 8296개의 모델들을 포함하고 있다.~~ ~~<br />PROSITE profile과 유사하게 Pfam 모델들은 분명한 [[homolog]]들로부터 출발하여 점차적으로 먼 집단들의 구성원들을 포함시키면서 반복적으로 정련된다.~~  ~~r들의 information-rich descriptor들 때문에 두가지 집합들은 다른 방법으로는 드물게 발견되는~~ 단백질 ~~모티브의 매우 먼 예도 검출한다.~~ <br /><br />PROSITE와는 대조적으로 Pfam entry들은 semi-automatic하게 ~~생성되고, 이것은~~ 비교적 ~~낮은 정밀도를 보여주지만 개정과정은 보다 쉽다~~.~~ ~~<br />~~Pfam documentation은 최소한이지만 자주 상응하는 PROSITE entry에 대한 연결이 포함되어 있다.~~ ~~<br />Pfam 모델들과 PROSITE profile들은 상호전환이 이루어질 수 있고~~, ~~조합 검색이 가능하다. ~~<br />~~[[SMART]] 데이터베이스는 신호전달에 포함된 단백질 도메인들에 초점을 맞춘 181개의 HMM들의 독립적인 집합이다~~. </font>	+	<font face="바탕" size="2">Pfam은 [[ProDom]]에서 진화한 것으로 개념적으로 [[PROSITE]] profile들과 연관된 [[HMM]]들의 집합이다. <br />Pfam 모델들은 유사 단백질의 multiple alignment로 부터 추출된 HMM profile이다.<br />HMMER package로 만들어 지며, HMM의 hmmpfam 명령을 통해, 단백질 서열에서 Pfam profile의 존재유무를 검사할 수 있다.<br /><br />Pfam은 두가지 형태의 profile file을 제공하는데, Pfam_ls는 완전한 도메인의 구조를 찾을 때 쓰이며, Pfam_fs는 부분적인 (불완전한) 도메인 조각을 찾을 때 쓰인다.<br /><br />현재의 버전은 Pfam20으로 8296개의 모델들을 포함하고 있다.<br /><br />PROSITE와는 대조적으로 Pfam entry들은 semi-automatic하게 생성되어 비교적 쉽게 update 된다.<br />Pfam의 초기버젼에서는 비교적 낮은 정밀도를 보여주었지만, 밝혀진 서열의 종류가 늘어남에 따라 정확도가 높아지고 있으며,<br />풍부한 정보를 제공하는 PfamA는 약 74%의 sequence coverage를 갖는다.</font>

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−	<font face="바탕" size="2">Pfam은 [[ProDom]]에서 진화한 것으로 개념적으로 [[PROSITE]] profile들과 연관된 [[HMM]]들의 집합이다. Pfam 모델들은 전형적으로 완전한 단백질 도메인들에 걸쳐 있으며 HMMER package나 Web-based server로 검색될 수 있다. 현재의 버전은 ~~Pfam(2.1)로 527개의~~ 모델들을 포함하고 있다; ~~곧 나올 다음 버전 (3.0)에서는 그 숫자가 806개로 증가할 것이다.~~ PROSITE profile과 유사하게 Pfam 모델들은 분명한 [[homolog]]들로부터 출발하여 점차적으로 먼 집단들의 구성원들을 포함시키면서 반복적으로 정련된다.  r들의 information-rich descriptor들 때문에 두가지 집합들은 다른 방법으로는 드물게 발견되는 단백질 모티브의 매우 먼 예도 검출한다. PROSITE와는 대조적으로 Pfam entry들은 semi-automatic하게 생성되고, 이것은 비교적 낮은 정밀도를 보여주지만 개정과정은 보다 쉽다. Pfam documentation은 최소한이지만 자주 상응하는 PROSITE entry에 대한 연결이 포함되어 있다. Pfam 모델들과 PROSITE profile들은 상호전환이 이루어질 수 있고, 조합 검색이 가능하다. [[SMART]] 데이터베이스는 신호전달에 포함된 단백질 도메인들에 초점을 맞춘 181개의 HMM들의 독립적인 집합이다. </font>	+	<font face="바탕" size="2">Pfam은 [[ProDom]]에서 진화한 것으로 개념적으로 [[PROSITE]] profile들과 연관된 [[HMM]]들의 집합이다. <br />Pfam 모델들은 전형적으로 완전한 단백질 도메인들에 걸쳐 있으며 HMMER package나 Web-based server로 검색될 수 있다. <br />현재의 버전은 Pfam20으로 8296개의 모델들을 포함하고 있다. <br />PROSITE profile과 유사하게 Pfam 모델들은 분명한 [[homolog]]들로부터 출발하여 점차적으로 먼 집단들의 구성원들을 포함시키면서 반복적으로 정련된다.  r들의 information-rich descriptor들 때문에 두가지 집합들은 다른 방법으로는 드물게 발견되는 단백질 모티브의 매우 먼 예도 검출한다. <br /><br />PROSITE와는 대조적으로 Pfam entry들은 semi-automatic하게 생성되고, 이것은 비교적 낮은 정밀도를 보여주지만 개정과정은 보다 쉽다. <br />Pfam documentation은 최소한이지만 자주 상응하는 PROSITE entry에 대한 연결이 포함되어 있다. <br />Pfam 모델들과 PROSITE profile들은 상호전환이 이루어질 수 있고, 조합 검색이 가능하다. <br />[[SMART]] 데이터베이스는 신호전달에 포함된 단백질 도메인들에 초점을 맞춘 181개의 HMM들의 독립적인 집합이다. </font>