Ksjung at 15:54, 30 July 2006

2006-07-30T15:54:08Z

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Human Genome Variation Database(HGVbase) Human Genome Variation Database는 처음에 HGbase와 같은것으로 알려진후 1988년에 모든 intragenic sequence에서의 다양성을 획득하여  만들어진 Database이다. 1년후 전체 genome의 다양성을 가지는 database로 확대되었으며 European consortium comparising teams,  EBI, UK에 의해서 지원되고 있는 project이다. HGbase는 dbSNP와 같은 class에 다양한 정보들을 가지게 된다. HGbase와 dbSNP 두개의  database는 data를 서로 연동하고 있으며, 2001년 10월 HGbase Project는 HGVbase(Human Genome Variation Database)로 바뀌게 되었다.  이러한 변화는 [[database]]의 범위또한 변하게 되었다. [[HUGO]]는 HGVS를 mutation sequence를 축적하는 중추적인 database로 소개하고 있다.  HGVbase는 단일 염기서열을 모두 커버할수 있으며, 또한 [[dbSNP]]의  [[database]]와는 다른 자동화된 접근에 의한 문제점을 해결하기 위해 정확도를  많이 높였다.  관리자는 조금더 정확한 data를 제공하고 반복서열과 low complexity지역 내에서의 SNP를 filter하고 있다. HGVbase는 [[haplotype tags]]와  실험 디자인에 유용한 데이터를 포함하고 있으며, 이 툴들은 haplotype에서의 최소한 특이적인 마커를 가지고 있다. HGVbase는 Ensenble,  [[STS]], [[EBI]]에서 제공하는 옵션보다 더 많은 옵션을 이용해 HGVbase에서 검색이 가능하다. HGVbase는 추정되는 SNP에서 확신할수 있는  [[SNP]]로 변환할수 있는 높은 확률을 가지고 있다.

HGVBASE - Revision history

Ksjung at 15:54, 30 July 2006