http://Opengenome.net/index.php?action=history&feed=atom&title=Clustal_W 2026-05-06T20:00:51Z Revision history for this page on the wiki MediaWiki 1.31.3 http://Opengenome.net/index.php?title=Clustal_W&diff=11527&oldid=prev 2006-07-25T03:08:44Z

<p></p> <p><b>New page</b></p><div>&lt;p&gt;&lt;font color=&quot;#800080&quot; size=&quot;3&quot;&gt;&lt;strong&gt;Clustal W&lt;/strong&gt;&lt;/font&gt;&lt;/p&gt;<br /> &lt;p&gt;Clustal W는 1988년 발표된후 여러차례 개선되어온 Clustal series multi alignment 프로그램의 하나이다. 이 알고리즘도 일반적인&amp;nbsp;&lt;br /&gt;multiple&amp;nbsp; alignment 알고리즘과 같은 구조로 되어있으며, pairwise alignment를 위해 FAST/SLOW 두가지 알고리즘을 선택할수 있다.&amp;nbsp;&lt;br /&gt;즉, [[FASTA]]방법과 [[dynamic programming]]을 선택적으로 할수 있으며 [[GOP]](Gap Open Penalty), [[GEP]](Gap Extention Penalty)를 설정할수 있다. &lt;br /&gt;Clustring은 Neighbor-Joining 방식에 의해 이루어지며, 그 결과는 guide tree로 저장되고, 마지막 단계의 alignment에서 사용된다.&amp;nbsp;&lt;br /&gt;Sensitivity를 높이기 위해, alignment 단계에서 sequence weighting방법을 사용하여 각 seq에 대한 각각의 가중치를 사용하게 된다.&amp;nbsp;&lt;br /&gt;또한 alignment작업중에 dynamic하게 gap penalty를 각 자리별로 설정한다. gap발생 빈도가 높은 곳은 낮은 penalty를 gap발생이&amp;nbsp;&lt;br /&gt;적은 곳에서는 높은 penalty를 주는것이다. &lt;/p&gt;</div>

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