http://Opengenome.net/index.php?action=history&feed=atom&title=BLAST2 2026-05-06T18:37:22Z Revision history for this page on the wiki MediaWiki 1.31.3 http://Opengenome.net/index.php?title=BLAST2&diff=11523&oldid=prev 2006-07-25T02:40:15Z

<p></p> <p><b>New page</b></p><div>&lt;p&gt;&lt;strong&gt;&lt;font color=&quot;#800080&quot; size=&quot;3&quot;&gt;BLAST2&lt;/font&gt;&lt;/strong&gt;&lt;/p&gt;<br /> &lt;p&gt;BLAST2는 크게 [[gapped BLAST]]와 [[PSI-BLAST]]로 구분되며 BLAST에서 문제가 되어왔던 gap처리가 되지 않던것을 gapped BLAST에서는&amp;nbsp;&lt;br /&gt;gap을 처리할수 있게하고, 동시에 같은 정도의 [[sensivity]]를 유지하면서 실행속도는 3배 정도 향상시켰다.&lt;/p&gt;<br /> &lt;p&gt;&lt;font color=&quot;#99cc00&quot; size=&quot;2&quot;&gt;&lt;strong&gt;#변경된 알고리즘&lt;/strong&gt;&lt;/font&gt;&lt;br /&gt;= BLAST에서 발견되는 W-mer를 seed로 사용하여 gapped BLAST에서 diagonal의 일정 distance이내에 sigle hit들이 겹치지 않으면서 존재할때,&amp;nbsp;&lt;br /&gt;&amp;nbsp;&amp;nbsp;&amp;nbsp; 이것을 extension을 시작할 candidate list에 넣어둔다&lt;br /&gt;= 특정 Sg값 이상의 HSP에 대하여 gapped txtension을 실행한다.&lt;/p&gt;</div>

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