Ksjung at 07:48, 18 May 2006

2006-05-18T07:48:50Z

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NCBI에서 개발한 유니진(UniGene)에서는 <a title="EST" href="http://biocc.ngic.re.kr/Biopedia/Biowiki/index.php/EST">EST</a>와 다른 <a title="MRNA" href="http://biocc.ngic.re.kr/Biopedia/Biowiki/index.php/MRNA">mRNA</a> 서열 및 유전체 <a title="DNA" href="http://biocc.ngic.re.kr/Biopedia/Biowiki/index.php/DNA">DNA</a>에 기능해석을 단 <a class="new" title="코딩 서열" href="http://biocc.ngic.re.kr/Biopedia/Biowiki/index.php?title=%EC%BD%94%EB%94%A9%C2%A0%EC%84%9C%EC%97%B4&action=edit">코딩 서열</a>들(<a class="new" title="CDS" href="http://biocc.ngic.re.kr/Biopedia/Biowiki/index.php?title=CDS&action=edit">CDS</a>)을 관련 서열의 하위 세트로 분류해 놓았다(Boguski & Schuler, 1995). 대부분의 경우 각 <a class="new" title="클러스터" href="http://biocc.ngic.re.kr/Biopedia/Biowiki/index.php?title=%ED%81%B4%EB%9F%AC%EC%8A%A4%ED%84%B0&action=edit">클러스터</a>는 하나의 유전자에 의해 얻어진 서열로 구성되는데, 이 클러스터는 대체접합에 의해 생성된 전사체를 포함하고 있다. 그러나 어떤 <a title="유전자" href="http://biocc.ngic.re.kr/Biopedia/Biowiki/index.php/%EC%9C%A0%EC%A0%84%EC%9E%90">유전자</a>들은 두 개 이상의 클러스터에 의해 나타내어질 수도 있을 것이다. 이 클러스터들은 <a class="new" title="생물체" href="http://biocc.ngic.re.kr/Biopedia/Biowiki/index.php?title=%EC%83%9D%EB%AC%BC%EC%B2%B4&action=edit">생물체</a>에 따라 다르고  최근에는 인간, 마우스, 랫, 힌줄까만송사리와 젖소에 대해서도 만들어져 있다. 이 자료들은 특별한 서열비교  <a title="알고리즘" href="http://biocc.ngic.re.kr/Biopedia/Biowiki/index.php/%EC%95%8C%EA%B3%A0%EB%A6%AC%EC%A6%98">알고리즘</a>에 근거한 자동화 과정을 사용하여 몇 단계에 걸쳐 만들어져 있다. 이 자료들은 특별한 서열비교 알고리즘에 근거한 자동화 과정을 사용하여 몇 단계에 걸쳐 만들어진다. 첫째, 염기 서열 내부에 <a title="미토콘드리아" href="http://biocc.ngic.re.kr/Biopedia/Biowiki/index.php/%EB%AF%B8%ED%86%A0%EC%BD%98%EB%93%9C%EB%A6%AC%EC%95%84">미토콘드리아</a>, <a title="리보솜" href="http://biocc.ngic.re.kr/Biopedia/Biowiki/index.php/%EB%A6%AC%EB%B3%B4%EC%86%9C">리보솜</a>, <a class="new" title="벡터 서열" href="http://biocc.ngic.re.kr/Biopedia/Biowiki/index.php?title=%EB%B2%A1%ED%84%B0_%EC%84%9C%EC%97%B4&action=edit">벡터 서열</a>, 반복 요소, 낮은 복잡성 서열 등의 오염이 없는지 조사한다. 이렇게 선별검사가 끝난 서열은 적어도 100개의 염기를 포함하고 있어야 유니진으로 등록될 수 있다. mRNA와 유전체 DNA들은 먼저 유전자 링크로 클러스터된다. 두번째 서열 비교작업에 의해 EST들은 서로 연결되고 유전자 링크에도 연결된다. 이 단계에서 모든 클러스터들은 모아지고, <a class="new" title="PolyA" href="http://biocc.ngic.re.kr/Biopedia/Biowiki/index.php?title=PolyA&action=edit">polyA</a> 를 가진 하나의 서열을 포함하거나 클론의 3'말단으로부터 유래한다고 표시된 두 개의 EST를 포함하게 된다.  마지막으로 연결이 안된 EST들과 크기 1의 유전자 클러스터들은 낮은 엄중도에서 다른 유니진 클러스터들과 비교한다. 유니진은 매주 갱신 되므로 클러스터를 구성하는 서열들도 바뀔 수 있다.

유니진 - Revision history

Ksjung at 07:48, 18 May 2006