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<font color="#800080" size="4">Computer - assisted drug design<br /><br /></font><font face="굴림체" size="2">Computer-assisted drug design (CADD) 또는 computer-assisted molecular design (CAMD)은 최근에 컴퓨터를 이용하여 drug design 하는 방법으로써 적용되는 분야이다. 최근에는 수용체 (receptor)와 상호 작용할 ligand, 즉 가상 drug를 찾는 노력이 진행중이다. [[수용체]]와 [[리간드]]의 [[상호작용]]에 중요한 factor는 hydrophobic, electrostatic, H-bonding interaction이며 solvation energy도 중요하게 작용한다. CADD 분야는 receptor site에서 ligand를 최적 화시키며 이 과정에서 리간드와 수용체에 대한 정보의 양에 의존한다. 따라서 각각의 정보에 따라 ligand-based molecular design methods나 receptor-based molecular design methods를 적용할 수 있다. 먼저 ligand-based approach는 receptor 구조를 모르나 [[활성]]을 가진 일련의 [[화합물]]에 대한 정보를 가지고 있을 경우 적용 될 수 있다. 효과적인 경우는 활성이 높은 것과 낮은 것 혹은 그 중간 단계의 활성을 지닌 구조적으로 유사한 화합물을 가지고 있을 때이다. 이런 일련의 화합물을 통하여 receptor site의 geometry에 대응하는 3차원 공간에서의 functional group의 위치로 특징을 나타내는 [[pharmacophore]]를 결정해야한다. 따라서 이런 정보를 바탕으로 활성이 높은 새로운 화합물을 design 하는 것이다. Receptor-based molecular design method는 X-ray diffraction이나 [[NMR]] 혹은 homology modeling technique에 의해 receptor site의 가능한 model이 있는 경우이며 상호 강하게 interaction하는 ligand를 design하는 것이 목표이다. 이 과정을 수행하기 위해서는 X-ray나 NMR에 의해 이미 밝혀진 수용체나 수용체와 리간드와의 복합체의 3차원 구조로부터 에너지 최소화 및 MD를 계산하고, 한편으로는 시뮬레이션, QSAR 과정 등을 수행하여 부가적 정보를 얻어내고 이러한 과정을 가상 수용액 상태를 취하여 반복 수행한다. 또한 [[수용체]] ([[receptor]])와 [[리간드]] ([[ligand]])의 상호작용을 관찰하기 위해서는 docking 이나 LeapFrog program을 실행한다. 따라서 앞의 경우보다 매우 효율적으로 분자 모델링 연구를 수행할 수 있으나, 각각의 실험적인 한계성 때문에 그런 정보를 갖지 못할 경우에는 computer modeling의 사용 용이성, 경제성, 유용성 등 여러 가지 장점 때문에 computer modeling을 이용한 이론적 계산 방법이 시도되고 있다.</font>