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Gap4는 [[서열분석]] 프로젝트로부터 데에터 작업에 사용되는 대화식 프로그램이다. 포괄적인 기능을<br />포함하고 있는 Gap4는 많은 경우 결과를 그래프로 보여준다. 실험제안(Experiment Suggestion)을&nbsp;<br />포함한 다른 기능들은 외부 프로그램이 분석할 수 있는 텍스트 출력을 만들어낸다. 다른 기능들이<br />많이 사용하는 주요 구성요소&nbsp;중 하나는 공통서열 [[알고리즘]](consensus [[algorithm]])이다. Gap4<br />데이터베이스는 공통서열을 저장하지 않고 필요할 때마다 그를 계산해서 쓴다. 공통서열은 개개의<br />가닥에 대해 따로 계산되며, 콘티그 편집기와 콘티그 연결 편집기에서는 편집이 이루어질 때마다<br />즉시 갱신된다.