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좋은 DNA probe를 합성하기 위하여서는 가능한 한 많은 아미노산 배열을 가지고 있는 것이 중요하다. 최근, 단백질용의 질량분석 장치의 개량이 눈부시게 발전되어 있고, 단백질이나 펩티드의 일차구조해석의 정밀도나 미량화가 보다 진전되어 있다. 한편, 생리활성의 해석을 위하여서는 당연히 미변성의 상채로 통상 수십 ug이상의 단백질이 필요하다. 그리고, 입체구조의 해석을 위하여서는 수십 mg 이상의 미변성 단백질, 항체제작을 위하여서는 통상 수백 ug 정도의 미변성 또는 변성 단백질이 필요하게 된다.<br />
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3) 양질 대료 확보<br />
목적단백질의 절대 함량과 상대 함량 (또는 비활성 : 전체의 단백질량에 대한 목적 단백질의 활성) 이 높은 재료를 선별한다. 정제에 있어서 단백질의 회수율은 수 %부터 수십 %의 범위가 대부분이다. 출발재료가 불충분하면, 정제하는 도중에 목적 단백질이 없어지게 되며, 재료의 제조부터 다시 출발하여야만 한다. 이러한 것을 피하지 않으면, 언제나 목적 단백질의 정제는 불가능하다. 처음부터 출발재료에 존재하는 목적 단백질의 양을 예측하고, 충분한 분량을 확보하여야만 한다. 매우 대략적인 측정으로서 cytokine 이나 효소는 수 ng이거나 수십 ng 정도에서 활성 검출이 가능하며, 특별히 높은 비활성을 가진 것은 수십 pg에서도 검출이 가능하다. 비활성 1단위/ng의 단백질을 10%의 수율로서 10ug 을 얻기 위하여서는 출발 재료에 최저 1*10의 5제곱 단위의 활성이 존재하고 있을 필요성이 있다.<br />
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4) 단백질의 안정화<br />