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단백질의 구조해석에 참깨를 이용하여 분석하여야 할 경우에 있어서 행하지 않으면 안된느 것은 해석방법의 선택에 달려 있다. 현재 놓여져 있는 단백질의 순도, 양을 고려하여 최적의 판단 방법을 결정한다. 역으로 연구실에 현재 설비로서 행하여질 수 있는 방법에 한하여 단백질의 조제를 행하지 않다면 안되는 경우도 있다.<br />

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목적 단백질이 고순도 (high quality) 로서, 대량 (50~100 ug 이상) 으로 조제가 가능하다면, 아미노산 배열의 정보를 얻는 것은 비교적 용이하다. 기본적으로는 적당한 protease로서 단백질을 소화시키고, 얻어진 peptide를 HPLC로서 분리 채취하고, 기상의 아미노산 sequence로서 아미노산 배열을 결정한다. 작은 단백질이라면, 화학적으로 전 아미노산 배열을 결정하는 것도 가능하다. 혹시, N말단이 아세틸화 (acetyl) 화 등으로 인하여 block 되어 있는 경우도 있는데 이러한 경우는 탈 block화 시키고 해석할 필요가 있다. 최근에는 이러한 이상적인 조건에서 해석하는 것이 보편화되어 있다.<br />

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최근, 단순히 필요에 의하여 이루어지지만, 정제가 곤란한 아주 미량인 단백질의 해석이다. 한편, 유전자 정보 bank에 의하여 비교적 단순한 해석 (고가의 기기를 요함)을 행하는 일로서 cDNA를 얻기에 충분한 결과를 얻을 수 있는 것이 가능하다.<br />