<p>두개의 서열을 최적으로 배열하는것은 쉽지 않은 작업이다. 가장 높은 scoring alignment를 얻기 위해서는 여러가지 배열들의 점수를 계산하는 방법이 필요하다.<br />예를 들어 두개의 서열이 alignment하는 경우 gap에 대한 점수는 같다고 하지만 두개의 배열은 다를것이다.<br />TATTGACT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; TATTGACT<br />&nbsp; TACGTAA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; TACGTTA<br />&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; *&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; *&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; *&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; *<br />아미노산들 사이의 생물학적이나 화학적 관계를 방영하여 점수를 매겨야지 좀더 높은 점수 매트릭스를 만들수 있다.&nbsp;<br />측정행렬(Scoring Matrix)는 두 서열을 비교할 때 각각의 아미노산이나 염기들이 일치되거나 혹은 치환될 확률을 각각 계산해 주는 행렬이다.</p>