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<font face="바탕" size="2">Pfam은 영국 케임브리지, MRC 센터에서 박사과정을 하던 에릭 존해머가 개발을 하기 시작한 [[ProDom]]에서 진화한 것이다. 에릭은 스웨덴 사람으로서 나중에 PFAM을&nbsp;리타드 더빈과 개발했다. 그때, 같은 MRC&nbsp;센터에서 1년 늦게 박사과정에 들어온 알렉스 베이트만이, MRC에서 포닥을 하던&nbsp;Sean Eddy가 만든 HMMER를 써서 HMM등을&nbsp;에릭과 만들었는데, 그것이 현재의 PFAM 이다.&nbsp;개념적으로 [[PROSITE]] profile들과 연관된 [[HMM]]들의 집합이다.&nbsp;<br />Pfam 모델들은&nbsp;유사 단백질의 multiple alignment로 부터&nbsp;추출된 HMM profile이다.<br />쑌 에디의 HMMER package로 만들어 지며,&nbsp;HMM의 hmmpfam 명령을 통해,&nbsp;단백질 서열에서&nbsp;Pfam profile의 존재유무를 검사할 수 있다.<br /><br />Pfam은 두가지 형태의 profile file을 제공하는데, Pfam_ls는 완전한 도메인의 구조를 찾을 때 쓰이며, Pfam_fs는 부분적인 (불완전한) 도메인 조각을 찾을 때 쓰인다.<br /><br />현재의 버전은 Pfam20으로 8296개의 모델들을 포함하고 있다.<br /><br />PROSITE와는 대조적으로 Pfam entry들은 semi-automatic하게 생성되어 비교적 쉽게 update 된다.<br />Pfam의 초기버젼에서는 비교적 낮은 정밀도를 보여주었지만,&nbsp;밝혀진 서열의 종류가 늘어남에 따라 정확도가 높아지고 있다.<br /><br />풍부한 정보를 제공하는 PfamA는 약 74%의 sequence coverage를 나타내며<br />완전히 자동적으로 생성되는 PfamB는 11%의 sequence coverage를 갖는다.<br />PfmaB로부터는 정보를 얻기가 힘들기는 하지만, 새로운 서열이 추가되면 PfamA로 전환될 것들이다.<br /><br />따라서 궁극적으로 85%이상의 단백질에 Pfam domain을 부여할 수 있다.<br /><br /><a href="http://pfamwww.org">http:sanger.ac.uk/Software/pfam.org<Pfam/a></font>