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Measuring microbial growth

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<p>Population growth는 cell 전체 무게의 약간의 구성요소의 중량 또는 cell의 숫자의 변화에 따라서 측정 가능하다.&nbsp; 전자의 경우는 protein, nucleic acids 또는 cells 그들 자체의 dry weight가 가능하다.&nbsp; Cell을 세기 위한 다른 실험 방법 또는 존재하는 cell 무게를 어림하는 것은 다른 organisms나 다른 문제들과 잘 조화되어 있어서 여러가지 문제를 생각해 보아야 한다.<br /><br />1. Direct measurements of microbial growth : Total and viable counts<br /><br />총 세포의 수, 그리고 cell을 셀 수 있는 가능한 실험 방법에는 microorganisms의 단일 cell을 세기 위하여 두 가지 널리 사용되는 것이 존재한다.&nbsp; 각각의 절차는 그들의 힘의 강하기와 약함을 가지고, 그리고 종종 single bacterial culture에 존재하는 cell의 수를 세기 위해서 서로 다른 결과가 발생하기도 한다.<br /><br />-Total cell count<br /><br />Population의 cells의 총 숫자는 Direct microscopic count라고 불리는 실험 방법을, 현미경 아래에서 sample을 세어 봄으로써 측정할 수 있다.&nbsp; Direct microscopic counts의 두 가지 종류로는, 하나는 slides 위에서 sample을 건조 시키는 방법이고, 다른 하나는 sample이 액체 상태에 있는 것이다.&nbsp; 액체 sample과 함께, 특별한 counting chambers가 사용된다.&nbsp; Counting chamber에서, glass slides의 표면에 바둑판 무늬 모양의 기준 선망이 표시되어 있고, 각각이 사각형 모양으로 되어 있다.&nbsp; 바둑판 무늬 모양의 기준 선망 위에 그려진 각각의 사각형은 잘 알려진 총 합계의 부피이고, 매우 작지만 정확하게 측정할 수 있다.&nbsp; 바둑판 무늬 모양의 기준 선망의 한 단위 지역 안의 cell의 수는 현미경 아래에서 셀 수 있고, 작은 공간(chamber) 부피에서의 cell의 숫자의 측정이 가능하다.&nbsp; 현탁액의 적은 양의 milliliter 내 cells의 숫자의 중요성은 chamber sample의 부피 위에서 기초한 factor의 전환에 따라서 곱해줌으로써 쉽게 측정할 수 있다는 점이다.<br />현미경으로 cell 수를 세는 방법은 microbial cell number를 어림하는 데 빠른 방법 중 하나이다.&nbsp; 그러나 이 방법에서는 한계가 있다.<br />①죽은 cell과 살아있는 cell을 구별할 수 없고, ② 작은 cells는 세기가 어려워서 가끔 세지 못하고 놓치는 경우도 있다.&nbsp; ③ 그렇기 때문에 정확하지 않을 수도 있고, ④ 현미경으로 관찰하기 때문에 염색이 필요한데, 염새깅 되지 않았을 경우에는 위상차 현미경을 필요로 한다.&nbsp; ⑤ 진한 현탁액의 경우 cell의 개수가 너무 많아서 세기가 어려우므로 몇 차례의 희석이 필요하고,&nbsp;⑥ cell이 고정된 상태가 아니기 때문에 전부 세기 전에 이동을 할 수도 있다.<br />미생물의 생태계에서, 전체 cell을 세기 위하여 자연 상태의 sample을 사용하거나, 눈으로 볼 수 있도록 cell에 맞는 특별한 염색을 해서 관찰을 한다.&nbsp; [[DNA]]를 특이적으로 염색하는 시약인 DAPI는 sample의 모든 cell을 염색할 수 있다.&nbsp; 이와 대조적으로, fluorescent stains는 특별한 organisms 또는 그들의 핵산 probes에 붙을 수 있는 organisms의 group을 특이적으로 염색할 수 있다.&nbsp; 만약 cells가 낮은 densities로 나타난다면, 예를 들어 open ocean water sample의 경우, 그들은 처음에는 농도를 걸러내야 하고, 염색을 한 후에나 관찰이 가능 할 것이다.<br /><br />-Viabel count<br /><br />Direct microscopic counting에서, 죽은 cells와 살아있는 cells를 구분하지 못해서 두 종류 모두 세어야만 했다.&nbsp; 그러나, 많은 경우에서 우리는 오직 살아있는 cells만을 필요로 하고, 그래서 이러한 목적으로 인해서 viable count 실험 방법이 필요하다.&nbsp; Viable cell은 두 개로 나뉠 수 있고, 자손을 생성해 낼 수 있다.&nbsp; Viable count를 목적으로 하는 이러한 방법에서 사용하는 것은 촉촉한&nbsp;[[agar medium]]위에 형성된 [[colonies]]의 가능한 sample의 수를 샘으로써 cells의 숫자를 결정할 수 있다.&nbsp; 이러한 이유에서, viable counts는 종종 plate count 또는 colony count라고 불리기도 한다.&nbsp; Cell의 수를 세기 위한 절차의 이러한 종류에서 만들어지는 가정은 각각의 셀 수 있는 cell은 자랄 수 있고, 두 개로 나누어짐에 따라서 하나의 colony를 형성할 수 있다는 것이다. 어떤 염색적 절차는 또한 다양성을 나타낼 수 있다.&nbsp; 그러나, 이 colony를 이용한 실험 방법은 오직 살아있는 cell을 세기 위해서 필요한 방법이다.<br />Plate count의 목적으로 두 가지 실험 방법이 있다.&nbsp; 하나는 spread plate method이고 다른 하나는 pour plate method이다.&nbsp;<br />Spread plate method에서, 특유한 희석된 culture의 부피는(대게 0.1m 또는 이보다 더 적다) 멸균 상태인 [[glass spreader]]를 사용해서 agar plate의 표면 위에 sample을 깔아준다.&nbsp; 그런 다음, 이 plate를 incubator에 넣고 배양한 후, colonies가 형성되면, colonies의 수를 세면 된다.&nbsp; Plate의 표면이 충분히 말라서 깔린 용액이 스며들 수 있어야 하는 것은 상당히 중요하다.&nbsp; 이 실험을 위한 부피의 최대는 0.1ml인데 그 이유는 만약 더 많은 양을 사용하게 되면 용액이 agar에 충분히 스며들지 않아서 아마도 colones가 하나로 뭉쳐서 형성이 될 것이고, 이것은 아마도 다른 숫자를 나타나게 될 것이다.&nbsp; 그러므로 적은 양을 사용해야 한다.<br />Pour plate method는, culture의 알고 있는 부피(대게 0.1-1.0ml)가 매마른 Petri plate안에 들어가야 한다.&nbsp; 녹아 있는 agar medium은 [[benchtop]]에서 plate를 흔들어 줌으로써 잘 섞이게 해 주어야 한다.&nbsp; 왜냐하면, sample이 녹아있는 agar medium과 잘 섞여야 하고, spread plate에 비해서 더 큰 부피의 sample이 사용되기 때문이다.&nbsp; 그러나, organism을 세기 위한 이 실험 방법은 톡아있는 agar의 &nbsp;온도(~4545℃- 50℃)를 간단히 버티어낼 수 있음에 틀림이 없다.&nbsp; 이러한 실험 방법에서, colonies는 plate 구석 구석까지 퍼질 수 있어야 하고, spread plate method와 같이 agar plate위로 용액이 올라와서는 안된다.&nbsp; 이 plate는 그들 스스로 닫혀 있어야 하고, 모든 colonies가 자라나면 colonies를 셀 수 있다.<br /><br />-Diluting cell suspensions before plating<br /><br />Spread plate와 pour plate 실험 방법 두 가지 모두, 이것은 colonies의 숫자가 너무 많지 않도록 하는 것이 가장 중요하다.&nbsp; 어떤 cells가 plate에 너무 많이 모여 있으면 colonies가 형성되지 않을 것이고, 어떤 colonies는 합쳐질 것이며, colonies 수를 측정 하는 데 여러가지 문제점을 만들 것이다.&nbsp; 또한, colonies 수가 너무 적은 것도 문제가 되고, 또는 colonies의 숫자를 세어도, 통계적인 의미가 줄어들 것이다.&nbsp; 이러한 이유에서, 여러 번의 반복적인 실습을 통해서 얻어낸 가장 유효한 통계학적 수치는 plate 위에서 오직 30~300 개 사이의 colonies가 자라는 것이 가장 좋다.&nbsp; 무엇보다도, 이것은 incubation conditions(medium, 온도, 시간)에 따라서 결정이 되는데, 주어진 organism의 coloneis의 가장 최대의 숫자가 주어질 것이고,&nbsp; 이러한 조건을 통해서 자라나게 된다.<br />적당한 수의 colony를 얻으면, </p>
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